Actualmente la colección de mamíferos consta de 2,041 especímenes. Consiste en pieles y cráneos. Hay representadas 173 especies de mamíferos de Costa Rica, lo que equivale a un 69% de la mastofauna costarricense.
LOS ÓRDENES MEJOR REPRESENTADOS SON:
| Murciélagos (Chiroptera) | Con 1,062 especímenes, pertenecientes a 97 especies, lo que constituye el 84% de los murciélagos del país. |
|---|---|
| Roedores | Incluyen ratones, ardillas y otros similares, con 596 ejemplares, pertenecientes a 40 especies de estos mamíferos, lo que corresponde al 82% de las especies de roedores del Costa Rica. |
| Carnívoros | Félidos, comadrejas, zorros grises, mapaches y otros, con 32 especímenes. Son 12 las especies representadas lo que significa un 52% de los carnívoros de Costa Rica. |
| Otros órdenes | Cerca del 5% de la colección lo forman algunos ejemplares de otros órdenes como zorros pelones, monos, animales de pezuñas, insectívoros y conejos. |
Inicios de la colección de mastozoología
La recolecta de mamíferos para colecciones, fue iniciada en Costa Rica a mediados del Siglo XIX. Entre sus pioneros están A. V. Frantzius, W. Gabb, C. Hoffmann, O. Salvin, y otros, incluyendo los costarricenses A. Alfaro y J. C. Zeledón.
Muchos de los abundantes especímenes recolectados en esos primeros años dieron lugar a nuevas descripciones de roedores, murciélagos y otros grupos. Con la creación del Museo Nacional de Costa Rica se contó con un lugar de depósito de los ejemplares en suelo nacional.