Las Colecciones de Geología se subdividen en 5 tipos de colecciones:
Colección de Fósiles (CFM)
Esta colección tiene importantes registros de fósiles de vertebrados de Costa Rica, por lo que es una de las colecciones paleontológicas más importantes de la región centroamericana.
Está constituida por fósiles de vertebrados, invertebrados y paleobotánica; tanto de Costa Rica como extranjeros.
Cuenta con 8,880 ejemplares, de los cuales el 95% son de Costa Rica, un 3,7% son del extranjero y el 1,3% no tienen procedencia.
La colección se inició con las muestras que se exhibieron en la Primera Exposición Nacional celebrada el 15 de setiembre de 1886 en Costa Rica.
Colección de Rocas y Minerales (CRM)
Está conformada por rocas y minerales de Costa Rica y ejemplares extranjeros. Cuenta con 2,776 ejemplares. Los ejemplares de Costa Rica corresponden a un 56% de la colección, los ejemplares extranjeros al 17% y los ejemplares sin procedencia al 27%.
Entre las rocas de Costa Rica se tiene ejemplares de los principales volcanes, así como rocas ígneas y sedimentarias de las diferentes formaciones. Los minerales con que cuenta el país son escasos, a pesar de eso la colección tiene representantes de minerales nativos (oro, azufre y cobre), sulfuros, silicatos, carbonatos, óxidos e hidróxidos, entre otros.
Esta colección se comenzó a formar con las muestras que se exhibieron en la Primera Exposición Nacional celebrada el 15 de setiembre de 1886.
Colección de Moluscos Terrestres y Fluviales (CTF)
Es una colección de moluscos de agua dulce y cuenta con 914 ejemplares. Un 42% de los ejemplares corresponden a Costa Rica, un 50% son del extranjero y un 8% de los ejemplares no tienen procedencia. Una parte de los ejemplares fueron recolectados por el suizo Pablo Biolley a finales del siglo XIX.
Colección Educativa (CE)
Se compone de ejemplares de rocas, minerales y fósiles. Cuenta con 2,206 ejemplares y el propósito de esta colección es ser utilizada con fines educativos.
El 87% de esta colección está constituida por ejemplares sin procedencia, un 12,4% corresponde a ejemplares de Costa Rica y un 0,6% a ejemplares extranjeros.Sus inicios datan de los años 90 del Siglo XX.
Colección Reciente (CR)
Agrupa moluscos, corales, equinodermos y vertebrados principalmente y su propósito es apoyar a la investigación paleontológica, ya que representa material básico para comparación o referencia. Cuenta con 7,210 ejemplares.
Los ejemplares de Costa Rica corresponden al 76% de la colección, los ejemplares extranjeros al 14,5% y los ejemplares sin procedencia al 9,5%.
En esta colección se resguarda una colección de otolitos de peces del Pacífico Sur de Costa Rica, que comprende una colección de 49 especies provenientes de 18 familias. Su propósito es ser utilizados para estudios de identificación, paleogeográficos, biogeográficos y etológicos.
Esta colección se inició en los años 80 del Siglo XX.