El Museo Nacional de Costa Rica conserva muestras macrobotánicas variadas y numerosas extraídas de todo el país.
El Departamento de Antropología e Historia mantiene una lista con el inventario de estas muestras, su procedencia y contexto arqueológico adscrito, así como otros datos de muchas de ellas que han sido analizadas por especialistas y a las que se adscribió identificación taxonómica.
Tallos y frutos
Los restos florales, es decir, tallos y frutos de árboles y plantas antiguos, se llegaron a conservar, en los contextos arqueológicos, gracias a que se carbonizaron durante las labores culinarias. Estas muestras se llaman macrobotánicas y en Costa Rica pueden incluir especies domesticadas representadas por granos o mazorcas enteras de maíz, frijol, aguacate o frutos de palma.
Polen, fitolitos y granos microscópicos
En contraparte de los contextos arqueológicos o sedimentológicos en general, sobrevivieron microfósiles, aquellos que solo es posible ver cuando estos son separadas por diversos procedimientos de las muestras de suelo y se manifiestan en la forma de elementos microscópicos de polen, fitolitos y granos microscópicos de almidón, siendo posible identificarlos para cada planta debido a sus formas características a nivel de especie, género o familia.
Cestería, textiles, adornos y otros
Una tercera categoría de muestras botánicas depende de ambientes de conservación muy especiales en suelos de mínima acidez y ambientes anaeróbicos permanentes. Se han podido recuperar implementos de cestería y textiles, así como una variada gama de adornos e implementos de madera como puntas de proyectil, collares y cuentas, bastones de mando, tambores o algún tipo de asiento en forma de metate.
Estudio de Restos Florales
La preservación de los elotes o partes de él en América Central son de especial importancia tanto para los arqueólogos como para los paleobotánicos, ya que pueden clasificarse dentro de diferentes razas adaptadas a distintos ambientes y variados centros de origen y difusión.
La exploración de lagunas o cuencas sedimentadas alrededor de las cuales ha habido ocupación humana ha permitido estudiar a través de estos restos microscópicos, el ambiente antiguo y observar el nivel de alteración del hombre al comparar la representación de especies arbóreas, o aquellas que suponen campos abiertos de malezas, indicando alteración de los bosques por el hombre prehispánico.
Arqueólogos dedicados al estudio de los hábitos alimentarios también han tratado de estudiar los fitolitos y almidones que quedaron atrapados en los dientes o en los artefactos de piedra dedicados a la molienda de granos y tubérculos obteniendo datos más específicos de la dieta y observando el uso diferencial de manos de moler, metates y morteros.