Representa los animales vertebrados e invertebrados hallados en los sitios arqueológicos de los que se preservaron partes esqueléticas, dientes y conchas. Normalmente, se encuentran en vertederos en proximidad a las áreas residenciales. En el litoral del Pacífico Norte es común que se formen depósitos puntuales cargados de conchas llevadas hasta allí desde esteros y playas para el consumo o para utilización de las valvas en determinadas tareas o confeccionar algún tipo de artefacto.

Estas acumulaciones se pueden extender a radios de 15 metros o más.

El Museo Nacional de Costa Rica resguarda importantes colecciones arqueo-faunísticas provenientes de contextos arqueológicos controlados como evidencia latente para comprender la economía precolombina y el uso y significado social y religioso de objetos de concha y hueso utilizados como amuletos y atuendos distintivos

Estudio de los Restos Faunísticos

Los restos de fauna tienen un valor incalculable ya que no solo permiten estudiar las estrategias de explotación de recursos terrestres y costeros y hábitos alimenticios prehispánicos, sino también, aportan al estudio del paleoambiente. Aquí, la información arqueológica tiene un gran valor para la biología tropical ya que, al lograr calcularse la edad de estos depósitos arqueológicos, se puede brindar una radiografía sobre antiguos y ecosistemas, variaciones en la geomorfología costera y como esta evolucionó hasta el presente.

La identificación de restos faunísticos de acuerdo a niveles taxonómicos más específicos como familia, género y especie, es sumamente complicado no solo requiere de conocimientos profundos de los zoólogos de anatomía esquelética, sino que depende en gran medida de la disponibilidad de colecciones de referencia de individuos actuales y su osamenta.

Caza y pesca

Para efectos de caza en áreas abiertas o boscosas de animales mayormente representados como el venado de cola blanca, las guatusas, tepezcuintes e iguanas, se conocen implementos como puntas de lanza, estólicas o cerbatanas, si bien podríamos imaginar innumerables técnicas como el uso de trampas. En cuanto a la pesca, no hay tanta evidencia de utensilios como arpones; entre los datos arqueo-faunísticos a disposición, se nota poco énfasis en la pesca a mar abierto. En los litorales, se pescaba con implementos tales como atarrayas, atajos y particularmente construcciones de piedra conocidas como corrales o estanques que atrapaban los especies en las mareas altas imposibilitando su salida al retroceso. Los registros de estos artefactos son numerosos en el Pacífico costarricense formando arcos hasta de 50 metros de envergadura.

Usos no Alimenticios

Los restos de animales tienen otro valor no alimenticio, es posible pensar que ciertas aves como las lapas o loros, perros o chompipes entre otros, servían de mascotas. Partes de las osamentas de muchos animales eran utilizadas como materia prima en la confección de punzones, o tenían un valor recreativo, como, por ejemplo, la confección de instrumentos musicales. Sin embargo, la mayor parte eran convertidos por su dureza o forma en adornos personales los cuales suelen ser muy comunes en la parafernalia funeraria. Lo más generalizado, sin embargo, es la utilización de piezas dentales perforadas sobre todo de felinos, monos y otros carnívoros para armar collares.

Ciertas conchas marinas debido a su tamaño, dureza, coloración y simbolismo adscrito, eran utilizadas en forma íntegra o como materia prima para labrar adornos personales, entre ellas destacan el Spondylus (de tonos anaranjados y morados) y la Madre Perla (también por sus superficies nacaradas).  El Spondylus es abundante en aguas del Pacífico de América Central y fue particularmente apreciado hasta por los antiguos mexicanos y en Panamá, se conoce su utilización de este molusco de arrecife y aguas profundas desde al menos 200 años d.C.