La colección documental del Museo Nacional de Costa Rica destaca por la riqueza de manuscritos e impresos, especialmente los ligados a la actividad científica de la institución que, desde su fundación hasta la década de 1940, fue la única en ese campo.
De gran importancia es la correspondencia de científicos destacados como Henri Pittier, Adolfo Tonduz, Anastasio Alfaro y Alberto Brenes, entre otros.
Este conjunto documental incluye también algunos ejemplares de revistas, periódicos, libros, planos, telegramas y tarjetas postales, tanto nacionales como del resto del mundo.
En la colección fotográfica destacan algunos ejemplares que usan las técnicas más antiguas conocidas en el país, así como originales de álbumes o fotografías individuales de finales del siglo XIX y hasta la década de 1930, como son las obras de Manuel Gómez Miralles, Harrison Nathaniel Rudd, Henry Morgan, Fernando Zamora.
También destaca la colección de fotografías ligadas a las actividades científicas del Museo durante más de un siglo de desarrollo.