El estudio de la avifauna costarricense se inició con la contribución de investigadores como A.  V.  Frantzius, G.  N.  Lawrence, J.  C.  Zeledón, G.   K.  Cherrie, J.  J.  Cooper, Carriker, R.  Ridway, A.  Alfaro, C.  T.  Underwood y otros.

Al crearse el Museo Nacional, la importante colección de J.C. Zeledón pasó a formar parte de las colecciones de esta institución. De la década de los ochenta, en el Siglo XlX hasta la década de los treinta, en el Siglo XX, la colección de aves se constituyó en un centro importante de la ornitología del trópico americano. (Stiles 1983).

Posteriormente, con el ocaso de esta generación de investigadores, la colección ornitológica fue virtualmente abandonada y pasó a ser custodiada por la Universidad de Costa Rica (1940-1953), época que se caracterizó por su inadecuado manejo.

La década de los setenta se caracterizó por la revitalización del Museo Nacional.  En el último cuarto de siglo, el museo se constituyó en el centro de estudio de la Historia Natural, en el país.  En 1983 se inició el rescate de la colección de aves, con los biólogos Julio E. Sánchez y Daniel Hernández. La colección fue trasladada, entonces, de las bodegas de la carpintería a salas adecuadas.

Es una colección activa, compuesta por aproximadamente 10,000 ejemplares, de los cuáles  8,062 son  pieles, 885 esqueletos, 480 nidadas de huevos y 306 nidos. Estos especímenes están depositados en gabinetes ornitológicos en una sala con temperatura y humedad controladas y ordenados taxonómicamente.

La colección de pieles alberga cerca de un 78 a un 80% (662) de las especies del país. La piel más antigua es un espécimen del zorzal, Hylocichla mustelina, que data de 1847, que fue recolectado en Pennsylvannia, Estados Unidos y es producto del intercambio con otras colecciones.

La colección de esqueletos representa unas 343 especies (40% de la avifauna del país). Un esqueleto de 1980, del fringilo de garganta amarilla, Atlapetes albinucha, de Palo Verde de Cartago, es el más antiguo.

En la colección de nidos se encuentran representadas 146 especies de aves de Costa Rica, 17% de la avifauna de Costa Rica. En los nidos, las familias mejor representadas son los semilleros (Emberizidae) y los mosqueros (Tyrannidae).

Las nidadas de huevos comprenden cerca del 21% de las especies del país (175). Las mejor representadas son las familias de las garzas (Ardeidae), los semilleros (Emberizidae) y los mosqueros (Tyrannidae). La colección contiene nidadas no descritas del todo o no descritas para el país, como las del fringilo pico agudo, Acanthidops bairdii, descrito en un número de “Brenesia”, la revista de Historia Natural.

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