El manejo de colecciones es un conjunto de acciones que desarrolla el Departamento de Protección del Patrimonio Cultural para una efectiva utilización, protección, conservación, documentación y administración, tanto en los aspectos físicos como en los intelectuales, de los bienes que forman las colecciones del museo (con excepción de las colecciones de Historia Natural que están a cargo del Departamento de Historia Natural).

La administración de las colecciones de bienes arqueológicos e históricos implica  documentación sobre ellos y una descripción de su contexto, puesto que se trata de testimonios materiales de la vida social, económica, religiosa y política del país.

El mantenimiento de las colecciones en  condiciones adecuadas de seguridad y ambiente es primordial para que ellas continúen siendo el puente entre nuestro pasado, nuestro presente y nuestro futuro, de modo que las próximas generaciones puedan conocer esta herencia cultural.

Acciones que se realizan en pro de una adecuada utilización de las colecciones:

• Documentación: Inventario, registro, bases de datos, documentos (escritos, gráficos, fotográficos, electrónicos, etc.)
• Atención del acceso al lugar de exhibición o depósito de las colecciones y su  utilización con fines de exhibición e investigación
• Trámites y documentación de las donaciones, préstamos, legados, entrega de materiales arqueológicos producto de investigaciones y compras, y los préstamos a otros museos o la exportación de muestras arqueológicas para análisis y de objetos para exhibición en otros países
• Embalaje y almacenaje de colecciones
• Seguimiento de préstamos temporales de bienes culturales y elaboración de convenios de préstamo
• Control ambiental en los lugares de depósito de las colecciones, por medio de equipo especial
• Diagnósticos del estado de conservación de los bienes
• Asesorías en conservación de bienes culturales y naturales