Misión

Protegemos el patrimonio cultural y natural para el conocimiento, valoración y disfrute de los presentes y las futuras generaciones.

Visión

Somos un museo líder, moderno y atractivo con impacto en la sociedad costarricense.

Acciones estratégicas del Plan Nacional de Desarrollo

El Museo Nacional debe cumplir con las siguientes acciones estratégicas del Plan Nacional de Desarrollo del Sector Cultura:

Fortalecimiento de los programas emblemáticos del Sector Cultura, mediante el cumplimiento de dos metas:

1. Restauración de fachadas (repello y pintura) del edificio del Museo Nacional, remodelación Sede Pavas, remodelación de la Plaza de la Democracia, adjudicación de la primera etapa de remodelación interna del museo y refrendo de la Contraloría General de la República (18 diciembre 2008)
2. Proyecto Ley Marco de Patrimonio (24 de noviembre de 2008 se presenta a la Asamblea Legislativa).

Creación de una plataforma tecnológica y cultural, mediante dos metas:

1. Equipar a dos Museos Regionales o Comunitarios para su incorporación a la Plataforma Tecnológica y Cultural del Ministerio de Cultura y Juventud.
2. Brindar información actualizada y en línea sobre las diferentes temáticas que se desarrollan en el Museo Nacional, mediante la incorporación de tres programas divulgativos relacionados con los departamentos de Proyección Museológica, Historia Natural, Antropología e Historia y Protección del Patrimonio Cultural.

Programa de cultura y naturaleza. Por medio de la siguiente meta:

1. Realización de 3 festivales (Festival de las Esferas en Palmar Sur, Festival de Aves Migratorias en Esterillos y Festival Ambiental en Pavas).

Prioridades y objetivos institucionales

El MNCR tendrá como prioridades:

1. El público nacional e internacional tendrá información actualizada y atractiva sobre patrimonio cultural y natural, mejorando los recursos existentes.
2. El público nacional e internacional tendrá a disposición una gestión institucional fortalecida y moderna reflejada en los resultados de las investigaciones, conservación, protección y servicios.
3. Los aportes de las investigaciones en Historia Natural serán aliados en la toma de decisiones de la conservación de la biodiversidad ante el acelerado deterioro ambiental.
4. La conservación del patrimonio cultural, ante las amenazas del desarrollo urbano y el tráfico ilícito, se verá favorecida mediante el fortalecimiento e innovación en las medidas de prevención y control.

Objetivos estratégicos institucionales:

1. Implementar la gestión de calidad en los servicios que se ofrecen al público nacional e internacional, apoyados en la modernización de los recursos institucionales. 
2. Consolidar el MNCR como una institución de carácter cultural, que ofrece al público nacional y extranjero productos y servicios e información, acerca del patrimonio cultural y natural de la nación. 
3. Mejorar las medidas de conservación y prevención del patrimonio arqueológico nacional y generar información que respalde las acciones nacionales de conservación de la biodiversidad.