El Departamento de Historia Natural genera y documenta información sobre el Patrimonio Natural de Costa Rica mediante investigaciones en el campo de la diversidad biológica y el ambiente.

Con esta orientación,  ha enfocado sus acciones de investigación en las siguientes áreas:

• Inventario nacional de flora y fauna.
• Caracterización biológica de ecosistemas y regiones de importancia para la conservación.
• Seguimiento de ecosistemas, poblaciones y especies para determinar su estado de   conservación a través del tiempo.
• Identificación y análisis de especies de importancia para la conservación.
• Determinación de criterios y pautas para la conservación del patrimonio natural, derivados de las investigaciones encausadas en los incisos anteriores.
• Investigación y conservación del patrimonio paleontológico.