El nacimiento del Museo Nacional, a finales del Siglo XIX, se enmarcó dentro del proyecto liberal de “orden y progreso” que implicó la reorganización de la cultura nacional por medio de reformas en el campo educativo y la creación de instituciones con fines culturales y científicos, como el Museo Nacional.
A finales del Siglo XIX, San José se expandió hacia el este; en ese sector surgieron edificaciones como la Estación del Ferrocarril al Atlántico, la Aduana Principal, el Colegio de Sión y el Parque Nacional. En terrenos cercanos, hacia el noreste, se construyó el primer barrio de la burguesía costarricense: Barrio Amón.
El Departamento de Antropología e Historia posee como objetivos los de rescatar y conservar el patrimonio cultural costarricense y también investigar, administrar y divulgar sobre este mismo.