El manejo de colecciones es un conjunto de acciones que desarrolla el Departamento de Protección del Patrimonio Cultural para una efectiva utilización, protección, conservación, documentación y administración, tanto en los aspectos físicos como en los intelectuales, de los bienes que forman las colecciones del museo (con excepción de las colecciones de Historia Natural que están a cargo del Departamento de Historia Natural).

Las colecciones del Museo Nacional forman parte del patrimonio cultural de la nación; son la herencia que compartimos todos los habitantes de Costa Rica; sin embargo, también participamos de ella a gentes de más allá de nuestras fronteras, por lo que también podemos considerarla como patrimonio de la humanidad.