Para un mejor desarrollo de los proyectos y resultados de mayor alcance, el Museo Nacional trabaja en conjunto con otras instituciones, empresas y organizaciones.

Los convenios se suscriben con instituciones cuyos fines o intereses específicos concuerden con los del museo. El objetivo es aunar esfuerzos, recursos materiales y humanos, así como conocimientos científicos y técnicos, para desarrollar acciones conjuntas que contribuyan a la investigación  y documentación acerca del patrimonio cultural y natural del país, al igual que su divulgación, conservación y protección.

Estas son algunas de las actuales alianzas:

Tesorería Nacional: Proyecto nacional en el cual se incluye el museo, con el fin de realizar pagos de dinero mediante el sistema “GTE” (Generación de Transacciones Electrónicas).
 
Ministerio de Hacienda: Sistema de consolidación de cifras del sector público, SICCNET, el cual almacena información electrónica en materia de presupuestos, flujo de cajas, conciliaciones bancarias, inversiones financieras y nivel de empleo.

Contraloría General de la República: Sistema de Información de Presupuestos Públicos, SIPP, que permite a la Contraloría mantenerse vinculada con todas las entidades públicas y mantener actualizada la información en materia de presupuestos.

Otras organizaciones con las que el museo mantiene alianzas son:

• Centro Científico Tropical
• Fundación de los Museos del Banco Central de Costa Rica
• Museos del Banco Central de Costa Rica
• Instituto Nacional de Biodiversidad
• Ministerio del Ambiente y Energía
• Municipalidad de Osa
• Museo del los Niños
• Museo Calderón Guardia
• Museo Histórico Cultural Juan Santamaría
• Museo Omar Salazar, en Turrialba
• Organización de Estudios Tropicales